Les instructions sont les commandes que le microcontrôleur est capable d'exécuter.

Il sont dans un 1er temps écrit sous forme de mnémonique facilement compréhensible par le programmeur (ADD, AND, SET, CLR etc) puis transformé en code machine, Opcode abréviation de Operation Code. Cette instruction peut être associé à des opérandes ou arguments, si vous préférez.

Exemple sur un microcontrôleur AVR 8bits:

AND R2,R3 ;Faire un ET logique entre le registre R2 et R3 et mettre le résultat dans R2

AND est le mnémonique.
R2 et R3 sont les opérandes.

La forme général de l'opcode codé sur 16bits est :

AND Rd,Rr

Rd et Rr sont codés sur 5bits.
Ce qui nous donne pour notre exemple le code machine binaire:
0010000000100011

Ce code sera récupéré par le CPU, décodé avec le séquenceur puis executé.